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Lo que es seguro es que se trata de un vocablo de origen náhuatl, con el que los mexicas designaban la capital de su Estado. La propuesta más comúnmente aceptada señala que el nombre del país proviene de los vocablos mētztli= luna, xictli= ombligo o centro, y -co= sufijo de lugar. De esta forma, el nombre de México significa Lugar en el centro de la luna, o más precisamente, en el centro del lago de la luna, que era uno de los nombres con que los mexicas conocieron el lago de Texcoco.
La toponimia náhuatl, además de describir algunas características de los lugares geográficos, estaba cargada de sentido esotérico, conocido sólo por algunos iniciados, como señala Sahagún en su Historia de las cosas de la Nueva España. En su interpretación mística, el nombre concedido a México puede significar Centro del mundo, y de esta manera es representada la capital mexica en varios códices, como el lugar en donde confluyen todas las corrientes de agua que atraviesan el Anáhuac (que en náhuatl significa el mundo, o Tierra rodeada por los mares).
Otra hipótesis es la que relaciona el nombre del país con el del dios Mexi (pronunciado en náhuatl ['me∫i]), dado por los mexicas a su dios tutelar Huitzilopochtli, el colibrí siniestro. De esta forma, México es el lugar donde habita Huitzilopochtli. Según cuentan las crónicas mexicas, Huitzilopochtli sacó a esta tribu de Aztlán (un sitio mítico, que algunos creen localizado en Nayarit o en Nuevo México) con el propósito de llevarlos a una tierra donde serían los señores. Para llegar a ese lugar, la tribu debió peregrinar durante doscientos años. Al encontrar en el islote de Mexihco la señal dada por su dios (y que hoy es el escudo de armas de la nación mexicana), los mexicas pusieron fin a su peregrinar y nombraron a este lugar México-Tenochtitlan, en recuerdo de su dios y de su principal sacerdote, llamado Ténoch.
Cuando los españoles se encontraron con este pueblo y transcribieron su idioma, naturalmente lo hicieron siguiendo las reglas del idioma español de aquel tiempo. La lengua náhuatl tiene un sonido /∫/ (como shop en inglés), y este sonido fue representado con la letra x en español tal como se hacía en aquella época (compárese: Ximénez). Aunque la pronunciación cambió, la grafía de México conservó la equis por razones etimológicas e históricas, como otros tantos nombres de sitios y objetos cuyos nombres tienen origen en alguna lengua indígena mesoamericana.
En Wikisource hay una copia de El nombre de México. (en diversos idiomas)
Algunos autores (especialmente en España) escriben el nombre del país o la capital como Méjico. Aunque ambas formas son consideradas correctas por la Real Academia Española, esta misma institución sugiere comopreferible la forma México y el uso de la x en todos sus derivados.